《保障農民工工資支付條例》（國務院令第724號）（以下簡稱“條例”)自2020年5月1日起施行。條例明確了農民工工資支付形式與周期、工資清償、監督檢查等事項，并對工程建設領域的農民工工資支付做了特別規定。

條例的相關規定，在個人所得稅方面，對建筑企業的影響可能會有以下兩點。

一、個人所得稅扣繳義務人問題

條例第三十一條規定：“分包單位應當按月考核農民工工作量并編制工資支付表，經農民工本人簽字確認后，與當月工程進度等情況一并交施工總承包單位。施工總承包單位根據分包單位編制的工資支付表，通過農民工工資專用賬戶直接將工資支付到農民工本人的銀行賬戶，并向分包單位提供代發工資憑證”。

個人所得稅法第九條規定：“個人所得稅以所得人為納稅人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人”。

《國家稅務總局關于個人所得稅偷稅案件查處中有關問題的補充通知》（國稅函[1996]602號）第三條規定：“關于扣繳義務人的認定扣繳義務人的認定，按照個人所得稅法的法規，向個人支付所得的單位和個人為扣繳義務人。由于支付所得的單位和個人與取得所得的人之間有多重支付的現象，有時難以確定扣繳義務人。為保證全國執行的統一，現將認定標準法規為：凡稅務機關認定對所得的支付對象和支付數額有決定權的單位和個人，即為扣繳義務人”。

根據上述規定分析如下：

1.如果施工總承包單位與所招用的農民工訂立勞動合同，那么這些農民就是總包單位的職工，總包單位給自己的職工發工資，總包單位代扣代繳個人所得稅。

2.如果是分包單位與所招用的農民工訂立勞動合同，根據上述規定會出現由總包單位代發工資，分包單位應當按月考核農民工工作量并編制工資支付表交給總包單位，此時需要注意個稅應該由分包單位代扣代繳，總包代為支付的工資，應該是農民工的稅后工資。分包方需要按合同約定給甲方開具分包款的發票，總包向分包單位提供代發工資憑證。

二、核定征收的地方性政策問題

條例實施前，各地稅務機關針對建筑企業個人所得稅存在核定征收的地方性政策。

《國家稅務總局關于建筑安裝業跨省異地工程作業人員個人所得稅征收管理問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第52號）規定：“跨省異地施工單位應就其所支付的工程作業人員工資、薪金所得，向工程作業所在地稅務機關辦理全員全額扣繳明細申報。凡實行全員全額扣繳明細申報的，工程作業所在地稅務機關不得核定征收個人所得稅?！?/p>

條例實施后，施工現場的用工都要建立用工清冊，甚至在施工門口都設有門禁，用工人員進入施工現場都必須刷身份證實名，工資要如實造清冊發放。這里，既有建設單位的監管責任，也有建筑總承包和分包單位的監管責任。因此，如果將這一制度落實到位，施工現場用工人員的個人所得稅能實現全員全額明細申報的全覆蓋。

因此，根據上述分析，新《保障農民工工資支付條例》的實施后建筑企業要盡快重新審慎新條例對目前企業現行操作模式的影響，規避其在工資、社保等方面帶來的風險。